El estado de Guanajuato tiene un total de 30 áreas naturales protegidas distribuidas en los 46 municipios del estado según el Inventario Estatal de Áreas Naturales Protegidas y Zonas de Restauración de Guanajuato (INANPEG), de estas áreas se destacan el Parque Metropolitano, Sierra Gorda de Guanajuato y el Santuario de la Cañada de la Virgen.
Dichas áreas naturales son espacios en donde los ambientes no han sido significativamente alterados por las actividades humanas, o requieren ser preservadas y restauradas por su estructura y función para la preservación de la biodiversidad y de los servicios ambientales.
En el municipio de León se encuentra el Parque Metropolitano, el cual abarca un total de 337.63 hectáreas y cuenta con el cuerpo de agua más grande del municipio. También se encuentra la Cañada Arroyo Hondo la cual comprende 36 mil 8972 hectáreas y está en la categoría de Área Destinada Voluntariamente a la Conservación.
En León, Silao, Ocampo y San Felipe, se tiene distribuida la Sierra de Lobos, la cual tiene un total de 127 mil 058.04 hectáreas, considerada como la segunda área protegida con más extensión en el estado. Se encuentra categoría de Área de Uso Sustentable y se pueden encontrar distintos tipos de vegetación al igual que especies nativas.
La Presa de Silva y Áreas Aledañas se encuentra distribuido en el municipio de San Francisco del Rincón y Purísima del Rincón con 8 mil 801.39 hectáreas en donde invernan aves migratorias. De igual manera, en Purísima del Rincón se encuentra el Cerro del Palenque, el cual cuenta con dos mil 30.69 hectáreas y se puede encontrar bellos paisajes y diversidad biológica.
En el municipio de Manuel Doblado se encuentra Las Musas con 3 mil 174.76 hectáreas, está considerada como área de Uso Sustentable en la cual se puede realizar el ecoturismo. En Pénjamo, Cuerámaro y Manuel Doblado está la Sierra de Pénjamo, que ocupa un total de 236 mil 882.76 hectáreas y se pueden encontrar una gran biodiversidad.
Catalogado como Uso Sustentable el Cerro de Las Arandas, ubicado en el municipio de Irapuato, cuenta con 4 mil 819.23 hectáreas. De igual manera, se puede encontrar en el municipio de Silao el Cerro del Cubilete con 3 mil 611.79 hectáreas, donde desataca el monumento a Cristo Rey.
En Guanajuato capital, se encuentran tres áreas naturales, la primera es la Cuenca de la Esperanza con mil 832.65 hectáreas, la segunda es la Cuenca de la Soledad con 2 mil 782.01 hectáreas y la tercera es la Presa de la Purísima y su Zona de Influencia con 2 mil 728.81 hectáreas en las que se puede encontrar una gran biodiversidad.
Peña Alta se encuentra en el municipio de San Diego de la Unión con 13 mil 270.17 hectáreas y es catalogado como Área Sustentable. De igual manera, en Valle de Santiago se puede encontrar la Región Volcánica Siete Luminarias con 8 mil 928.50 hectáreas, en el cual está un conjunto de siete cráteres volcánicos inactivos.
En los municipios de Moroleón y Yuriria con 6 mil 987 hectáreas de ocupación, se encuentra el Cerro de los Amoles, en el cual está el bosque de encino que constituye un hábitat natural de fauna silvestre. Además, el Lago Cráter La Joya y la Laguna de Yuriria se pueden encontrar en el municipio de Yuriria.
En Dolores Hidalgo se encuentra el Megaparque Bicentenario que ocupa 28.44 hectáreas es considerado como un lugar de esparcimiento y recreación ubicado en la categoría de Parque Ecológico.
En Juventino Rosas se encuentra Las Fuentes con 109.03 hectáreas y la Cuenca Alta del Río Temascatío que es compartida con el municipio de Salamanca, ocupando un total de 17 mil 432 hectáreas.
Los Cerros el Culiacán y la Gavia ocupa 32 mil 661.53 hectáreas en los municipios de Celaya, Cortazar, Jaral del Progreso y Salvatierra, la cual es categorizada como Área de Uso Sustentable.
San Miguel de Allende cuenta con dos áreas protegidas, el Santuario Cañada de la Virgen con 5 mil 1 hectáreas y el Jardín Botánico El Charco del Ingenio con 66.12 hectáreas, ambas catalogadas como Áreas Destinadas Voluntariamente a la Conservación.
En el municipio de Comonfort se encuentra la Presa de Neutla y su Zona de Influencia con dos mil 012.45 hectáreas catalogada como Área de Preservación Ecológica. En San José Iturbide y Tierra Blanca se encuentra el Pinal del Zamorano con 13 mil 862.55 hectáreas y es catalogado como Reserva de Conservación, único en el estado.
La Sierra de los Agustinos con 19 mil 246 hectáreas ocupadas en Acámbaro, Jerécuaro y Tarimoro tiene un sinnúmero de servicios ambientales como la recarga de mantos acuíferos, captura de carbono, tuta migratoria de la mariposa monarca, el acuífero de los agustinos y además cuenta con un espacio para realizar ecoturismo.
De igual manera, el municipio de Celaya cuenta con 3 Áreas Naturales Municipales, las cuales son el Cerro de San Bartolomé, Santa Rosa y Jocoque y Los Divisaderos.
Por último, se encuentra la Sierra Gorda de Guanajuato, el área protegida con más hectáreas ocupadas con un total de 263 mil 882.76, distribuida en el municipio de Atarjea, San Luis de la Paz, Santa Catarina, Victoria y Xichú.