Lo anterior se dio a conocer por familiares dicho músico que a pesar de su avanzada edad y diversas enfermedades, se mantenía en pie de guerra. Las causas de su muerte aun no se han revelado.
En fechas recientes, su hijo, Miguel Bustos, aseguró que su padre tenía cáncer de próstata.
Pero todo se complicó cuando se le registró fallas en el pulmón derecho, de hecho los médicos aseguraron que ya no le funcionaba.
En el 2017 el propio vocalista aseguró a sus seguidores que sufrió una trombosis y que le detectaron fallas en los riñones. Ante todos los problemas de salud, Pepe Bustos se mantenía activo en las presentaciones que podía realizar a lo largo y ancho de la República Mexicana como La Sonora Santanera de Pepe Bustos.