Estudiantes de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) obtuvieron el Trofeo Evaluación Crítica del Análisis Masivo de Datos 2023 (CAMDA, por su sigla en inglés) en Francia.
El equipo multidisciplinario trabajó en una propuesta para realizar la caracterización de muestras genéticas de microorganismos y su resistencia a antibióticos, colectados en distintos sistemas de transporte colectivo en el mundo.
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Nelly Sélem Mojica, investigadora del Centro de Ciencias Matemáticas (CCM) de la Máxima Casa de Estudios, fue la responsable de la organización y coordinación del proyecto, el cual triunfó al superar a representantes de países como Australia, Alemania y Polonia.
Esta es la primera vez que un conjunto mexicano participa en el prestigiado certamen; además, México fue el único país de Latinoamérica en asistir con dos equipos al encuentro realizado en la ciudad de Lyon, Francia.
El equipo ganador estuvo conformado por 26 integrantes de entidades de la UNAM: el CCM y la Escuela Nacional de Estudios Superiores (ENES), ambos en el campus Morelia; así como del Instituto de Ciencias del Mar y Limnología (ICML). De igual manera, por instituciones externas: los centros de Investigación en Matemáticas (CIMAT) y el de Investigación y Estudios Avanzados (CINVESTAV).
¿Qué es el Trofeo CAMDA?
El Trofeo CAMDA es el máximo reconocimiento que otorga la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) al proyecto que resuelva retos como predecir la ciudad de origen de ciertos aislados bacterianos utilizando su perfil antimicrobiano y/o el desafío forense para identificar el origen de la ciudad utilizando los perfiles taxonómicos y funcionales obtenidos de los metagenomas.
Analizaron datos masivos de muestras genéticas de microorganismos, colectadas en distintos sistemas de transporte colectivo en el mundo, al igual que genomas provenientes de hospitales para investigar la resistencia de los microorganismos a los antibióticos en distintas especies.
Con los resultados obtenidos enviaron una propuesta de proyecto preliminar al comité organizador de la Conferencia Internacional de ISCB, el cual determinó que el trabajo del grupo mexicano sería uno de los que competiría por el Trofeo CAMDA.
Las bases de información gigantes corresponden a 16 ciudades distribuidas en el mundo, entre ellas Nueva York, Tokio, Baltimore, Oakland, São Paulo y Zúrich. Algunos de los datos provienen de MetaSub Project, que recolecta muestras, por ejemplo, de los tubos o pasamanos en el Metro y secuencia el ADN presente, el cual conforma un metagenoma, expuso la integrante del ICML.
Además, hay bacterias resistentes a antibióticos de las que se obtienen los llamados “perfiles de resistencia a antibióticos”; de esa base nos proporcionaron 500 genes.
Al tener el ADN, añadió Sélem Mojica, se sabe qué especies o géneros de microorganismos están en la muestra.
"Con base en ello se construyen tablas de abundancia, o sea, se determina cuánto tenemos de cada microorganismo y qué marcadores de resistencia a antibióticos están presentes o ausentes. Cada muestra metagenómica puede contener cientos o miles de microorganismos diferentes", dijo.
El equipo obtuvo una respuesta: la muestra misteriosa provenía de Nueva York. Aunque la ciudad correcta era Baltimore, los mexicanos identificaron las dificultades de distinguir entre ambas metrópolis e hicieron una propuesta de mejora, es decir, qué hacer para llegar a la predicción real y perfeccionar los algoritmos.
CMOG